Historia de Michael parte 12

El 15 de noviembre del mismo año recibió el premio Diamante en los World Music Awards, en Londres, donde interpretó la canción "We are the World" junto a un coro de jóvenes. Después participó en el homenaje y funeral público de James Brown, en Estados Unidos, celebrado el 30 de diciembre de 2006. A finales de ese año, el cantante accedió a compartir la custodia de sus dos primeros hijos con su ex esposa Debbie Rowe. Después, él y Sony establecieron un acuerdo para comprar el derecho de varias canciones de artistas como Eminem, Shakira y Beck, entre otros.

Con motivo del 25 aniversario de la publicación de Thriller, el disco más vendido de la historia, el 11 de febrero de 2008 Michael lanzó Thriller 25. Contenía las nueve canciones del álbum original y seis temas inéditos: "The Girl is Mine 2008" y "P.Y.T. (Pretty Young Thing) 2008" con Will.i.am, "Wanna be Startin' Something 2008" con Akon, "Beat it 2008" con Fergie de Black Eyed Peas, "Billie Jean 2008", una remezcla realizada por Kanye West, y una balada llamada "For all time", no editada en la versión original del álbum y mezclada nuevamente y masterizada por él mismo. El DVD adicional incluyó los videoclips de "Thriller", "Beat it" y "Billie Jean"; además de actuaciones en directo durante el especial Motown 25: Yesterday, Today, Forever de la NBC en 1983. La nueva edición vendió en todo el mundo más de tres millones de copias.

Como conmemoración de su cumpleaños número 50, publicó el álbum recopilatorio King of Pop, en países como Australia, Austria, Bélgica, Alemania, Hong Kong, Hungría, Japón, Países Bajos, Filipinas y el Reino Unido, para posteriormente ser publicado también en Argentina, Brasil, Chile, México, Finlandia, Francia, Grecia, Italia, Polonia, Rusia, España, Suecia, Tailandia y Turquía. Esta producción llegó a la cima de las listas de éxito en todos los países donde fue lanzado.